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微生态制剂在生产上选择使用时，应重点把握好以下三个原则，科学合理的进行使用，以发挥其应有的作用。
一、根据使用目的不同，选择合适的制剂
根据用途不同，微生态制剂大体可以分为环境调节剂、病原控制剂、健康增进剂等三类。在实际生产应用中，应根据不同的需要选择合适的制剂：
1、预防疾病，应选用乳酸菌、片球菌、双歧杆菌等产乳酸类细菌制剂。
2、促进生长、提高饲料利用率，可选用芽胞杆菌、乳酸杆菌、酵母菌和霉菌制剂。
3、改善养殖环境，应选用光合细菌、硝化细菌、芽胞杆菌等制剂。
二、根据饲喂对象不同，选择合适的制剂
动物消化道内的微生物具有多样性，而细菌对宿主又有一定的特异性，对猪效果良好的微生态制剂，对鸡不一定有效。因此，选择微生态制剂时，一定要充分了解制剂菌种的性能类型和作用特点，充分考虑不同种类动物消化系统的解剖结构和生理生态特点。如：同样是反刍兽，幼龄动物常用乳酸菌制剂，而成年动物则应使用米曲霉、黑曲霉和啤酒酵母制剂。
三、根据控制目标不同，选择合适的制剂
微生态制剂具有很强的应用针对性，生产上应根据不同的控制目标选用不同的活菌制剂：
1、防治1~7日龄猪腹泻，应首选植物乳酸菌、乳酸片球菌、粪链球菌等产酸细菌制剂。
2、促进仔猪生长发育、提高日增重和饲料报酬，应选用双歧杆菌制剂。
3、加速反刍兽消化道内纤维素的分解，应选用曲霉菌制剂。
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